Kontrola nad spółką oznacza możliwość wywierania decydującego wpływu na działalność lub decyzje podmiotu, niezależnie od formalnego statusu wspólnika czy członka organu. W przepisach AML pojęcie to odgrywa kluczową rolę przy ustalaniu beneficjenta rzeczywistego.
Kontrola może wynikać z posiadania większości udziałów, większości praw głosu, uprawnień osobistych przewidzianych w umowie spółki, prawa powoływania większości członków organów albo z innych okoliczności pozwalających faktycznie kierować działalnością przedsiębiorcy.
Istotne znaczenie ma również kontrola pośrednia, sprawowana za pośrednictwem innych spółek, fundacji, trustów lub innych struktur organizacyjnych. Z tego względu ustalenie beneficjenta rzeczywistego często wymaga prześledzenia całego łańcucha właścicielskiego, również poza granicami Polski.
W praktyce analiza kontroli nad spółką nie może ograniczać się wyłącznie do danych wynikających z Krajowego Rejestru Sądowego. Konieczne jest uwzględnienie rzeczywistych relacji właścicielskich, porozumień pomiędzy wspólnikami oraz innych okoliczności pozwalających na wywieranie decydującego wpływu na działalność spółki.