Sygnatura sprawy KRS to unikalny, indywidualny kod literowo-cyfrowy nadawany każdej sprawie w momencie jej wpłynięcia do właściwego sądu rejestrowego. Przykładowa sygnatura (np. WA.XII Ns-Rej.KRS/12345/26/111) składa się z oznaczenia wydziału i sądu (np. WA.XII – Sąd Rejonowy dla m.st. Warszawy, XII Wydział Gospodarczy), symbolu określającego charakter sprawy (Ns-Rej.KRS – postępowanie nieprocesowe rejestrowe) oraz kolejnego numeru z repozytorium spraw w danym roku kalendarzowym.
Sygnatura sprawy pozwala na błyskawiczne zlokalizowanie akt danej sprawy w sądowych systemach teleinformatycznych oraz przypisanie jej do konkretnego orzecznika (sędziego lub referendarza). Przedsiębiorca oraz jego pełnomocnik mają bezwzględny obowiązek powoływania się na aktualną sygnaturę sprawy przy każdej czynności – m.in. podczas uzupełniania braków formalnych, składania pism przewodnich, opłacania wniosków czy w trakcie kontaktu z Biurem Obsługi Interesantów (BOI).