Identyfikacja beneficjenta rzeczywistego polega na ustaleniu osoby fizycznej, która ostatecznie sprawuje bezpośrednią lub pośrednią kontrolę nad klientem albo w imieniu której nawiązywana jest relacja gospodarcza lub przeprowadzana transakcja.
Proces identyfikacji stanowi jeden z podstawowych obowiązków instytucji obowiązanych wynikających z ustawy AML. Jego celem jest ustalenie rzeczywistego właściciela lub osoby sprawującej faktyczną kontrolę nad podmiotem, niezależnie od formalnej struktury właścicielskiej.
Identyfikacja wymaga analizy dokumentów korporacyjnych, struktury udziałowej, struktury kontroli oraz relacji pomiędzy podmiotami uczestniczącymi w strukturze właścicielskiej. W przypadku złożonych grup kapitałowych konieczne może być prześledzenie kilku lub nawet kilkunastu poziomów własności.
Jeżeli mimo podjęcia wszystkich uzasadnionych działań nie można ustalić osoby spełniającej ustawową definicję beneficjenta rzeczywistego albo istnieją uzasadnione wątpliwości co do dokonanych ustaleń, ustawa przewiduje możliwość uznania za beneficjenta rzeczywistego osoby zajmującej wyższe stanowisko kierownicze.
W praktyce identyfikacja beneficjenta rzeczywistego nie polega wyłącznie na odczytaniu danych z CRBR. Instytucja obowiązana ma obowiązek samodzielnie przeprowadzić analizę i ocenić, czy dane ujawnione w rejestrze odpowiadają rzeczywistemu stanowi faktycznemu.